Regista cinematografico, scrittore, illustratore e animatore, appassionato di entomologia, anatomia, fiabe e storia della scienza. La sua poetica affonda nel concetto di wunderkammer e si nutre di suggestioni macabre che richiamano il perturbante.

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Dopo tanti anni passati nel fare film e tentare di realizzare progetti ritenuti non adatti al panorama cinematografico odierno ha cominciato a raccontare le sue storie con i libri illustrati e si è avvicinato al cinema di animazione stop-motion, rimanendone folgorato. Bessoni crede fermamente nel cinema come forma espressiva e nella politica d’autore. I suoi maggiori punti di riferimento sono Peter Greenaway i Quay Brothers e Jan Švankmajer.

Si è diplomato presso l’Accademia di Belle Arti di  Roma.

Dal 1989 ha realizzato diversi film sperimentali, installazioni video, performance e documentari, attirando l'attenzione della critica e ha ricevuto numerosi premi in festival nazionali e internazionali.

Dal 1990 al 1998 ha lavorato per diverse società di produzione cinematografica e televisiva come operatore, direttore della fotografia e montatore.

Dal 1998 al 2001 ha collaborato con il regista italiano Pupi Avati, come assistente, storyboard artist e digital effect artist.

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Nel 2005 ha realizzato il suo primo lungometraggio "Frammenti di scienze inesatte".

Dal 2000 al 2007 ha insegnato regia cinematografica presso NUCT a Cinecittà.

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Nel 2009, dopo diversi anni di sviluppo, ha diretto "Imago Mortis", film in coproduzione tra italia e Spagna, con un cast internazionale. Purtroppo, i pesanti interventi imposti dalla produzione e le continue ingerenze nelle varie fasi di lavorazione ne hanno snaturano i contenuti e la coerenza espressiva. L'uscita in italia è stata comunque un buon successo e il film ha incassato circa un milione di euro in tre settimane di programmazione.

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Dal 2010-2013 ha insegnato presso Accademia Griffith di Roma, dove è stato titolare di un corso di alta specializzazione dedicata al cinema visionario e fantastico.

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Nel 2010 ha prodotto e diretto il film indipendente "Krokodyle", autoritratto in forma grottesca e fantastica, manifesto aperto delle sue istanze espressive e sfogo delle tante paturnie esistenziali. E' stato un successo di critica e ha raccolto premi in diversi festival internazionali. "Krokodyle" non ha mai trovato una distribuzione ufficiale.​ 

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Nel 2015, in occasione del centocinquantenario della prima edizione di Alice nel Paese delle Meraviglie, il Museo Luzzati di Porta Siberia a Genova gli ha dedicato un'importante mostra, dove tutte le illustrazioni originali di Alice Sotto Terra e i bozzetti realizzati dal 1989 a oggi, sono messi a confronto con la rilettura del classico carrolliano realizzata da Emanuele Luzzati negli anni novanta.

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Nel 2016 ha presentato, per Laika e Universal Pictures Italia, il film Kubo e la spada magica alla Festa del Cinema di Roma, spiegando al pubblico le tecniche e i segreti dell'animazione stop-motion.

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Nel 2023 il Museo Nazionale del Cinema di Torino gli ha dedicato una grande mostra personale nella Mole Antonelliana, con illustrazioni originali, burattini, pupazzi, oggetti e proiezione di film, legata in particolare al concetto di wunderkammer, pilastro fondamentale della ricerca espressiva e della poetica di Stefano Bessoni.

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Nel 2023 ha collaborato alla mostra "The World of Tim Burton" al Museo Nazionale del Cinema di Torino, curando alcuni testi del catalogo, tenendo lezioni dedicate a Tim Burton e seguendo le attività didattiche.

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Nel 2024, nell'ambito di Cartoons on the Bay a Pescara, gli è stata dedicata una mostra personale intitolata "Stop-motion e altre scienze inesatte", incentrata sugli aspetti macabri e perturbanti dell'animazione a passo uno.

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Nel settembre 2024 ha presentato al Museo Nazionale del Cinema di Torino il suo libro illustrato dedicato a Peter Greenaway, suo più grande punto di riferimento, insieme a lui, alla moglie Saskia Boddeke e alla figlia Pip.

Greenaway ha manifestato grande apprezzamento per il suo lavoro ed è nata una collaborazione per un progetto a cavallo tra cinema, scrittura e illustrazione.

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Oggi è coordinatore e docente del corso triennale di illustrazione e animazione presso  IED Roma e insegna animazione stop-motion e puppet making a Scuola Holden a Torino.

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